L'entrée en vigueur de l'accord entraîne la suppression des douanes pour 91 % de toutes les exportations de l'UE. Après l'expiration des délais transitoires, 99 % des exportations de l'UE vers le Japon en bénéficieront. Inversement, l'UE va supprimer immédiatement ses douanes pour 75 % de toutes les importations japonaises et également augmenter cette part à presque 100 pour cent. À partir de l'entrée en vigueur, les exemptions douanières sont appliquées à la majeure partie des échanges. Les délais transitoires sont par exemple appliqués aux véhicules japonais, pour lesquels les douanes vont être réduites au-delà même de 7 ans.

La suppression des douanes rend les biens d'exportation allemands et européens plus compétitifs sur le marché japonais. Les conditions d'exportation plus souples permettent notamment aux branches industrielles tournées vers l'exportation de développer de nouvelles activités. À travers les réductions tarifaires, les produits japonais deviennent plus abordables pour les consommateurs européens.

Par ailleurs, l'accord entraîne la suppression d'un grand nombre de barrières commerciales non tarifaires. On entend ici par barrières commerciales non tarifaires notamment les nombreuses directives et réglementations japonaises qui s'écartent des normes et pratiques internationales et rendent ainsi les exportations de l'UE vers le Japon plus compliquées et coûteuses. Dans le cadre de l'accord politique, le Japon s'est notamment engagé à aligner ses normes aux normes internationales (Nations Unies/CEE) dans le domaine automobile.