Mit Inkrafttreten des Abkommens werden für 91 Prozent aller EU-Exporte die Zölle abgeschafft. Nach Ablauf verschiedener Übergangsfristen wird dies für 99 Prozent aller EU-Exporte nach Japan gelten. Umgekehrt wird die EU ihre Zölle sofort für 75 Prozent aller japanischen Importe abschaffen und diesen Anteil ebenfalls auf nahezu 100 Prozent steigern. Für den weitaus größten Teil gelten diese Zollbefreiungen bereits zum Zeitpunkt des Inkrafttretens. Übergangsfristen gelten beispielsweise für japanische Kraftfahrzeuge, bei denen die Zölle über 7 Jahre hinweg abgesenkt werden.

Mit dem Abbau von Zöllen werden deutsche und europäische Exportgüter auf dem japanischen Markt wettbewerbsfähiger. Durch die erleichterten Exportbedingungen können besonders exportorientierte Industriebranchen neue Geschäftsfelder erschließen. Für europäische Verbraucher werden durch die Zollsenkungen japanische Produkte erschwinglicher.

Darüber hinaus werden mit dem Abkommen so genannte nicht-tarifäre Handelshemmnisse in großem Umfang abgebaut. Hierbei handelt es sich insbesondere um zahlreiche japanische Vorschriften und Regelungen, die von internationalen Standards und Gepflogenheiten abweichen und daher Exporte aus der EU nach Japan komplizierter und teurer machen. Im Rahmen der politischen Einigung hat sich Japan insbesondere verpflichtet, seine Normen im Kfz-Bereich an die internationalen Standards (UN/ECE) anzugleichen.