Während der sowjetischen Besatzungszeit nach 1945 wurde das Gebäude beschlagnahmt und zum Militärlazarett umfunktioniert. Der Turm in der Mitte des Haupthauses eignete sich besonders gut als Beobachtungsposten. Auf Anordnung der damaligen SED-Führung unter Walter Ulbricht begannen 1947/48 im Nordflügel (heutiges Gebäude D) die Bauarbeiten für ein Krankenhaus. Gedacht war es für ehemalige Häftlinge aus den Konzentrationslagern des Nazi-Regimes und den Führungskader der Parteien. In späteren Jahren stand das Krankenhaus auch Wirtschaftsfunktionären sowie Wissenschaftlern und Kulturschaffenden der DDR zur Verfügung.

Als sich die Rote Armee 1949 aus dem Gebäude zurückzog, wurde es auf vielfältige Weise genutzt. Im Invalidenhaus richtete man ein Schwesternwohnheim ein.

Der nördliche Gebäudeflügel der ehemaligen militärärztlichen Akademie diente als Regierungskrankenhaus der DDR und ab 1976 auch als Diplomatenkrankenhaus. Während dieser Jahre erfolgten aufwendige Umbauarbeiten.

Im Hauptgebäude an der Invalidenstraße waren das Ministerium für Gesundheitswesen, die Generalstaatsanwaltschaft und das Oberste Gericht der DDR untergebracht. Hier fanden Gerichtsprozesse statt, die vielen Menschen in schlimmster Erinnerung geblieben sind. Unter dem Vorsitz (1949-1953) von Hilde Benjamin - spätere Justizministerin und eine der bekanntesten und berüchtigtsten Figuren der DDR-Geschichte - wurden 13 Urteile in den so genannten "Konzernprozessen" gesprochen.