Zum Aufgabenbereich von Hans-Joachim Otto gehört unter anderem die Koordinierung und Bündelung der Maßnahmen der Bundesregierung zur Stärkung der internationalen Wettbewerbsfähigkeit des Standorts Deutschland in den Bereichen Schiffbau, Seeschifffahrt, Hafenwirtschaft und Meerestechnik.
Weitere Schwerpunkte seiner Arbeit sind moderne Informations- und Kommunikationstechnologien sowie die Initiative Kultur- und Kreativwirtschaft der Bundesregierung.
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